Este museo acondicionado en el ala decimonónica del monasterio de los Jerónimos expone cerámicas, armas y joyas que rememoran los primeros momentos de presencia humana en Portugal. Junto a las estelas y estatuas menhires representativas del periodo megalítico y de la Edad de Hierro, el período romano está particularmente bien representado con piezas como La Fortuna, estatuilla de bronce del s. I. El Tesoro alberga una rica colección de orfebrería arcaica: pulseras, pendientes de oro, etc.