Este museo posee una importante sección de arqueología etrusca y romana, donde destacan en particular las excepcionales urnas funerarias descubiertas en la tumba de los Cai Cutu, una sepultura etrusca inviolada que se utilizó entre los ss. III y I a.C. La colección de antigüedades incluye el cipo de Perusa (III-II a.C.), una estela de piedra cuyas dos caras recogen uno de los textos en lengua etrusca más extensos de los que se tiene constancia.